Para realizar sus fines y cumplir con sus objetivos los masones de la Gran Logia Mixta del Perú se asocian, dentro o fuera del país, en Aula Luxis, Triángulos o Logias, debidamente instalados en los templos de la fraternidad y/o en lugares particularmente a cubierto.

El gobierno de la Logia es ejercido por siete funcionarios; tres principales denominados Dignidades y cuyos títulos son: Venerable Maestro, Primer y Segundo Vigilante; dos Oficiales administrativos denominados Secretario y Tesorero; y dos Oficiales ritualísticos denominados Hospitalario y Guarda Templo.

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