Los estados confesionales tanto católicos como musulmanes han reprimido la masonería de diferentes formas: desde el simple acoso, pasando por penas de prisión para los masones, llegando a la pena de muerte por el simple hecho de ser masón. Las acusaciones que, desde el ámbito de estas Iglesias, se dirigen a la Masonería suelen ser de ateísmo, de relativismo moral y filosófico, de promover una religión previamente estigmatizada (por ejemplo el judaísmo) y hasta de adoración del Diablo.

En el caso de la religión islámica, la condena queda reflejada en el siguiente documento:

Colegio de Jurisdicción Islámica (15 de julio de 1978)
Presentado en la Universidad Azhar de El Cairo.

El C.J.I. declaró:

“Después de una completa investigación concerniendo a esta organización, basado en hechos escritos provenientes de numerosas fuentes, nosotros hemos determinado que:

(1) La masonería es una organización clandestina, que oculta o revela su sistema, dependiendo de las circunstancias. Sus principios actuales son escondidos a sus miembros, excepto a miembros escogidos de grados superiores.
(2) Los miembros de la organización, mundialmente, son tomados de hombres sin preferencia por su religión, fe o secta.
(3) La organización atrae a sus miembros bajo la base de proveer beneficios personales. Enzarza a los hombres en volverse políticamente activos, y sus fines son injustos.
(4) Los nuevos miembros participan en ceremonias de diferentes nombres y símbolos, y son asustados de desobedecer sus regulaciones y ordenes.
(5) Los miembros son libres de practicar su religión, pero solo los miembros que son ateos son promovidos a grados superiores, basados en cuanto están dispuestos a servir a sus peligrosos principios y planes.
(6) Es una organización política. Ha servido en todas las revoluciones, tanto transformaciones militares como políticas. En todos los cambios peligrosos esta organización aparece tanto expuesta como veladamente.
(7) Es una organización judía en sus raíces. Sus máximos Dirigentes secretos son judíos y promueven actividades Sionistas.
(8) Sus objetivos primarios son el distraer de las religiones y distrae a los musulmanes del Islam.
(9) Intenta reclutar hombre con influencia financiera, política, social o científica, para utilizarlos. No toma en consideración aplicantes que no pueda utilizarlos. Recluta reyes, primeros ministros, altos oficiales del gobierno e individuos de similar condición.
(10) Tiene ramas bajo diferentes nombres a forma de camuflaje, para que la gente no pueda dar seguimiento a sus actividades, especialmente si el nombre de masonería tiene oposición. Estas ramas son conocidas como Lions, Rotary, y otras. Ellas tienen principios malvados que contradice completamente las reglas del islam. Hay un clara relación entre Masonería, Judaísmo y el Sionismo Internacional. Ha controlado las actividades de altos oficiales arabes en el problema palestino. Ha limitado sus deberes, obligaciones y actividades para el beneficio del judaísmo y el sionismo internacional.
Dado que la masonería se involucra en actividades peligrosas, es un gran peligro, y con objetivos malvados, el Sínodo Jurisdiccional determina que la masonería es una organización peligrosa y destructiva. Cualquier musulmán que se afilia a ella, sabiendo la verdad de sus objetivos, es un infiel al islam“.

Colegio de Jurisdicción Islámica, 15 de julio de 1978