Historię wolnomularstwa można podzielić na trzy znaczące okresy: wolnomularstwa legendarnego, operatywnego (związanego z rzeczywistą pracą murarską) i spekultatywnego (związanego z samodoskonaleniem i nawiązującym symboliką do czasów minionych).
Okres legendarny - masoneria starożytna
Jak każdy wielki ruch, także i wolnomularstwo ma swój okres mityczny, w którym tkwią jego korzenie i z którego rodzi się jego tradycja. Dla ruchu masońskiego jest to czas Hirama Abiffa z Tyru, głównego architekta króla Hirama I. Hiram Abiff, jako naczelny budowniczy został wyznaczony do wzniesienia jerozolimskiej Świątyni Salomona. Był on człowiekiem wielkiej wiedzy i umiejętności. Wedle legendy znał on również sekret Wielkiego Masońskiego Słowa, które jest symbolem największej Wiedzy i Doskonałości. Hiram obiecał, że po ukończeniu budowy świątyni, przekaże sekret swoim następcom. Niestety, zazdrośni i niecierpliwi robotnicy próbowali wymusić na Hiramie wcześniejszą zdradę Wielkiego Słowa, a gdy to się nie udało - posunęli się do morderstwa. Ofiara, którą złożył Hiram - śmierć poniesiona z ręki ludzi chciwych, zazdrosnych i głupich stała się początkiem ruchu wolnomularskiego.
Naturalną konsekwencją faktu, że zdecydowana większość opowieści masońskich wiąże ideę wolnomularską ze Świątynią Jerozolimską, jest włączenie do kanonu masońskiego mitu Templariuszy (jako tych, którzy odkryli w Ziemi Świętej nieznaną Tajemnicę). Ten element wykorzystuje dzisiejsza popkultura, głównie na fali zainteresowania książkami Dana Browna. Inne legendy przypisują przynależność do wolnomularstwa Adamowi (pierwszemu człowiekowi) oraz Noemu (budowniczemu Arki). Jeszcze inne opowieści wiążą z masonerią Abrahama oraz Euklidesa. W tzw. Manuskrypcie Cooke'a (datowanym na XIV-XV w.) znajduje się z kolei wzmianka łącząca narodziny wolnomularstwa z Jabalem z rodu Lamecha (Biblia, Genesis 4, 20-22). Niektóre teorie wiążą także idee masońskie z Pitagorasem (i jego następcami), egipskimi kapłanami a nawet... celtyckimi drudiami).
Wolnomularstwo operatywne - masoneria cechowa (średniowieczna)
Tradycja średniowieczna wiąże wolnomularstwo z ustrojem cechowym, w którym mistrzowie wraz z czeladnikami i uczniami łączyli się w gildiach, stojących na straży tajemnic i interesów zawodowych. W odniesieniu do "wolnych murarzy" średniowiecznych pojawiają się dwa terminy: gildia i loża. O ile słowo gildia jest dość powszechnie rozpoznawane jako określenie struktury cechów rzemieślniczych, to słowo "loża" odnosi się do warsztatu budowanego czasowo na terenie większego projektu budowlanego. Termin ten pojawia się już w 1278 roku w dokumentach opactwa Vale Royal. Z biegiem czasu, pojęcia loża zaczęto używać w odniesieniu do każdego zgromadzenia archtektów (przykładowo, zapisy takie pojawiają się w odniesieniu do kodeksu praw i obowiązków loży związanej z budową Katedry w Minster (1352).
Kamieniem milowym w historii wolnomularstwa był wybuch reformacji. Było to pierwsze w historii zakwestionowanie władzy i monopolu kościelnego na określanie prawdy na tak szeroką skalę. Dla wielu ludzi było to sygnałem, że możliwe jest poszukiwanie wartości także poza regułami narzuconymi przez kler katolicki. Z drugiej strony, w krajach, w których dochodziło do sekularyzacji dóbr kościelnych, zanikała rola Kościoła, jako znaczącego sponsora przedsięwzięć konstrukcyjnych.
W mniej więcej tym okresie, królewskie prawodawstwo w Anglii ustanowiło zasadę, że każda loża powinna zatrudnić sekretarza-notariusza, dla dokumentowania wszystkich transakcji. Było to spowodowane chęcią narzucenia cechom kontroli urzędników monarchii. W ten sposób, po raz pierwszy, w lożach pojawiły się osoby spoza dotychczasowej branży murarskiej.
Niektórzy badacze uważają, że kolejnym krokiem było przyjmowanie w szeregi masonerii przedstawicieli bogatych rodów arystokratycznych, których przedstawiciele mieli zapewniać lożom ochronę i lepsze warunki pracy. Szybko miało się okazać, że wraz z dopuszczeniem do tajemnic wolnomularskich elity ówczesnego społeczeństwa, pojawiła się naturalna tendencja do poszukiwania nowych wyzwań - tym razem intelektualnych i filozoficznych. Nie da się też nie zauważyć, że ci "nowi masoni" wnieśli do lóż zainteresowanie światem, nauką oraz alchemią, która miała stać się nowym motorem rozwoju Sztuki Królewskiej. Dokumenty wskazują, że około połowy XVII wieku, większość członków lóż była już wolnomularzami spekultatywnymi, to znaczy zajmującymi się rozwojem duchowym i intelektualnym zamiast tradycyjnych zadań inżynierskich.
Wolnomularstwo spekultatywne (nowożytne)
Proces transformacji lóż operatywnych w spekultatywne nigdy nie został dokładnie zbadany - głównie na skutek dyskrecji, która stanowiła warunek pracy w gildiach i formujących się właśnie lożach nowego typu. Loże te dla płynnego działania wymagały nowych metod pracy. To właśnie dlatego przedstawiciele czterech najpoważniejszych z nich, wraz z "kilkoma innymi Braćmi" spotkali się w 1717 roku w słynnej karczmie Pod Gęsią i Rusztem. Głównym animatorem reformy był syn francuskich hugenotów osiadłych w Londynie, John Theophilus Desaguliers. Był doktorem praw, fizykiem, członkiem Royal Society i bliskim przyjacielem Izaaka Newtona. Wprowadzone reformy zostały wkrótce potem spisane i utrwalone w formie słynnych Konstytucji Andersona (1723). Warto dodać, że twórca najważniejszego dokumentu wolnomularzy był chrześcijańskim kaznodzieją i duchownym prezbiteriańskim.
Z biegiem czasu ruch wolnomularski rozwijał się i wzmacniał. Następowały też w nim podziały, bowiem na wiele spraw różne Loże patrzyły inaczej. Rola władcy w społeczeństwie, istnienie Wielkiego Architekta Wszechświata, zakres obowiązywania praw człowieka - to były tylko niektóre z tematów, które były wówczas żywo dyskutowane. Dziś masoneria światowa oferuje zainteresowanym wiele ścieżek, którymi mogą podążać. Swoje miejsce odnajdują tu zarówno ci, którzy są tradycjonalistami, jak i ci, których spojrzenie na sprawy tego świata jest bliższe intelektualnemu liberalizmowi. Ruch wolnomularski jest tak różny, jak różni są ludzie w nim uczestniczący.