Para poder referirnos a la fundación de la Gran Logia de Chile, es necesario previamente hacer un análisis del período anterior a su fundación, en 1862. En Europa, la Masonería, cuyo origen se remonta probablemente a la edad media, se fue consolidando en el siglo XVIII. Sabemos que en 1717 se creó la Gran Logia de Inglaterra y, poco después, las Grandes Logias de Francia, España, Holanda, Polonia, Italia y Suiza. El siglo XVIII es, en realidad, el Gran siglo de la Masonería por lo que puede considerarse que esta institución pertenece a la cultura de las luces.
A nuestra América española la influencia de la Masonería llegó con la independencia. Las ideas del notable masón venezolano Francisco de Miranda, perteneciente a una Logia de Virginia, llevan sin lugar a dudas la impronta masónica cuando considera organizar una sociedad secreta que trabajase por la independencia de la América hispana.
En el año 1798, bajo la inspiración de Miranda se crea en Londres, dependiendo de la Gran Logia de Inglaterra, "La Gran Reunión Americana", cuyos miembros se autodenominaban “Caballeros Racionales”, y que se preocupó de constituir sociedades o Logias que llevaron el subtítulo de "Lautaro". En estas Logias Lautaro, cuyo nombre se dice habría sugerido O’Higgins a Miranda, militaron la mayoría de los héroes de la independencia de América. La naturaleza de las Logias Lautaro en cuanto a ser sociedades propiamente masónicas, es aún tema de discusión entre los historiadores, pero sí estaban formadas por masones y tenían un objetivo político muy concreto: independizar a América de la corona española. El juramento de los miembros de estas sociedades pro-independentistas es un testimonio de su convicción patriótica cuando expresaban: “Nunca reconoceremos un gobierno legítimo de nuestra patria sino aquel que sea elegido por la libre y espontánea libertad del pueblo, siendo el sistema republicano el más adaptable al gobierno de las Américas. Propenderemos por cuantos medios estén a nuestro alcance a que los pueblos decidan por él”. Así, una vez que la misión fue considerada cumplida, se disolvieron alrededor de 1823.
Es en 1825, durante el sitio naval de El Callao, que el Almirante Manuel Blanco Encalada tuvo la oportunidad de trabar amistad con el general Manuel Antonio Valero, con quien pudo visitar las cuatro Logias masónicas que existían en Lima. En la oportunidad, y en su calidad de Soberano Gran Inspector General del Grado 33°, con plenos poderes para fundar Logias masónicas, Valero convino con Blanco Encalada la instalación de un Taller en nuestro país, idea que se materializó el 15 marzo de 1827 al fundar la Logia "Filantropía Chilena", la cual al parecer tuvo cierta importancia en la formación del incipiente pensamiento liberal en Chile. Esta Logia se fundaba bajo la directa Obediencia de un Capítulo Rosa Cruz del Oriente de Lima, e indirecta del Gran Oriente de Colombia.
Luego de la victoria de Prieto, Portales y los pelucones en Lircay, la Logia Filantropía Chilena se disuelve, al menos aparentemente. No obstante su influencia siguió manifestándose a través del grupo de los “Philopolitas” que pretendieron impedir la reelección de Prieto como Presidente de la República en 1834. Habiendo fracasado este primer intento masónico en nuestro país la Logia Filantropía Chilena desapareció. Sin embargo, no se perdió la simiente de la Orden.