Es así que la Masonería chilena, existente hoy, se fundó verdaderamente en la coyuntura del 48, y no fue, al menos inicialmente, una copia sino más bien una filial de la matriz europea. Tal como aquella, se trató de una sociedad secreta, de iniciados, y que si bien no dejaba de tener objetivos políticos no declarados, su accionar perseguía horizontes más amplios; la cultura, las costumbres y el conocimiento en materias de su interés.
Es indesmentible su origen foráneo y se puede decir de que su acta de nacimiento es del 7 de agosto de 1850 cuando un grupo de franceses constituyó en Valparaíso una Logia llamada “L’Etoile du Pacifique”, y el Gran Maestro del Gran Oriente francés, el príncipe Lucien Murat, aprobó su creación en noviembre de 1851. La relación fundacional entre “L’Etoile du Pacifique” y el Gran Oriente francés deja en evidencia que algunos de los miembros de la Logia ya habían sido masones en Francia antes de llegar hasta las costas del Pacífico. Sucede lo mismo después con los primeros masones alemanes con respecto a su madre patria.
El ejemplo de los primeros masones franceses establecidos en Chile fue seguido por los norteamericanos quienes fundan una segunda Logia que se llamó “Bethesda”. Aparentemente sus miembros eran también masones en su país y habiendo inmigrado a Chile desearon reagruparse. En 1852 iniciaron los trámites pertinentes para afiliarse a la Gran Logia de California. Pasado un tiempo prudente y al no recibirse una respuesta se dirigieron a la Gran Logia de Massachusetts, donde tuvieron mejor fortuna, pues ese poder masónico procedió en breve a extender la autorización correspondiente y enviar la respectiva Carta Constitutiva, para posteriormente, ser solemnemente instalada el 14 diciembre de 1854.
Los primeros masones propiamente chilenos comienzan a organizarse bajo la conducción de quien, según varios autores, es considerado el verdadero fundador de la Masonería chilena, Manuel de Lima, quien comprendió que si no se establecía en Chile un Taller que trabajase en el idioma español, la Masonería quedaría circunscrita a una efímera pertenencia de extranjeros. Se cree también que recibió ayuda o consejo de los Hermanos franceses pertenecientes a “L’Etoile du Pacifique” que ya contaba con algunos chilenos y argentinos que ahora pasaban a integrar la nueva Logia en formación, la cual fue bautizada con el nombre de “L’Union Fraternelle” y que nace bajo la dependencia del Gran Oriente de Francia, un 27 de julio de 1853. La Logia se multiplicó y hacia 1855 tenía un cuadro de 42 Hermanos, entre los cuales podemos destacar a Federico Schwager, José Victorino Lastarria, Domingo Faustino Sarmiento y a los Ilustres Hermanos que siguieron a Manuel de Lima en la conducción del Taller, como Juan de Dios Arlegui, Enrique Pastor López y Francisco Javier Villanueva.
Enrique Pastor López, miembro de L’Union Fraternelle, traslada su residencia a Concepción en 1856, iniciando así un nuevo núcleo masónico que llamó “Estrella del Sur”, pidiendo luego su Carta Constitutiva al Supremo Consejo del Perú. Sin embargo en 1860 se integra al Gran Oriente de Francia cambiando su nombre por el de “Aurora de Chile” y recibiendo su Carta Constitutiva con fecha 12 de septiembre de ese mismo año. Esto tuvo por finalidad un intento de homogenización de la estructura de la Masonería chilena imitando el modelo cultural más admirado por el sector social del cual surge la Masonería chilena: Francia. Posteriormente, el 14 de mayo de 1862 esta Logia da origen a la Respetable Logia “Fraternidad” cuyo fundador y primer Venerable Maestro es también el Hermano Enrique Pastor.
Por su parte en Copiapó, la ciudad del radicalismo, se funda el 11 de enero de 1862 la tercera Logia propiamente chilena, que adoptó el nombre de "Orden y Libertad" y en ella se inscribirían muchos de los fundadores del futuro partido radical. Su Venerable Maestro fue Guillermo Eduardo Gotschalk, médico danés, protestante, Cónsul de su país en Copiapó. <p "text-align: justify;">Ese mismo año se funda en Valparaíso la Logia “Progreso”, nacida del seno de Unión Fraternal y que sería la cuarta columna fundamental de la futura Gran Logia de Chile, siendo su Venerable Maestro el insigne hermano Blas Cuevas Zamora, hasta entonces miembro de Unión Fraternal.