El acontecimiento más importante de ese año de 1862 para los Masones chilenos, fue la fundación de la Gran Logia de Chile con lo cual se cumplía el deseo de independizarse de la tutela francesa y adquiría así una configuración definitiva. Esto fue posible en alguna medida a consecuencia de las luchas de carácter escandaloso que se dieron al interior del Gran Oriente francés con motivo de la elección del Serenísimo Gran Maestro, sucesor de Lucian Murat y que correspondía realizar ese año. El escándalo deriva, al parecer, por la resistencia de Murat de abandonar su cargo, lo que condujo al emperador Napoleón III a imponer el nombre del profano Pierre Magnan, Mariscal de Francia, al nombrarlo por Decreto Imperial N° 9862 del 11 de enero de 1862, Gran Maestro del Gran Oriente francés. Este hecho fue el que hizo que esa potencia cayese en la irregularidad. Las Logias chilenas se negaron a reconocer la autoridad del nuevo Gran Maestro, excepto L’Etoile du Pacifique.
Son los oficiales señeros de las regiones de Valparaíso, Concepción y Copiapó los cuales después de varias reuniones sostenidas previamente, acuerdan el 29 abril de 1862, desconocer la autoridad del nuevo Gran Maestro del Oriente de Francia y declarar la formación de la Gran Logia de Chile, la cual se instalaba solemnemente el 24 de mayo de 1862 en Valparaíso, siendo su primer Serenísimo Gran Maestro don Juan de Dios Arlegui Gorbea, quien desempeñó el puesto durante los diez primeros años de su funcionamiento. Gran Maestro Diputado fue Melitón Caso, Primer Gran Celador, Javier Villanueva, Segundo Gran Celador fue Manuel de Lima y Gran Secretario General Antonio Manuel Medina.
Mientras que “L’Etoile du Pacifique” queda ligada a la estructura francesa y sus miembros franceses se encargaban de desprestigiar a la Gran Logia de Chile en todo el universo masónico internacional de aquel entonces, aduciendo irregularidades en su constitución, la tenacidad local triunfaría con la redacción y promulgación de la Constitución de la Orden Masónica Chilena en el mismo año de su fundación, como lo reiteramos más adelante. En Concepción poco antes de este hito, el núcleo masónico había vuelto a cambiar su nombre pasando a llamarse ahora “Fraternidad”.
Debemos hacer notar que las primeras Logias chilenas nacen en momentos en que la nación se encontraba aún en la semi penumbra heredada del largo período colonial. Además, el país se encontraba regido por la severa y autoritaria Constitución de 1833 que concedía a los Presidentes de Chile, facultades omnímodas, y que establecía a la religión católica como la oficial del Estado. Las libertades públicas podían ser restringidas al extremo por las autoridades del ejecutivo, y una ley de imprenta, dictada en 1828, imponía severos castigos contra las publicaciones que se consideraban inmorales, sediciosas, injuriosas, y sobre todo blasfemas, cuando de cualquier manera se atacaran los dogmas de la religión oficial. Era la época en que el país se encontraba todavía subyugado por un clericalismo sin contrapesos, y particularmente por los jesuitas, que habían regresado después de su expulsión en 1767 y se habían apoderado de la educación de la juventud, y por consiguiente de la familia chilena.
Por su parte, la “Revista Católica”, recién fundada en 1843, trataba de ahogar todo intento de liberalismo. Súmese a este estado de cosas, el descontento ciudadano con el régimen conservador.
Una vez constituida la Gran Logia de Chile, una de sus primeras preocupaciones fue la de establecer relaciones con las demás Potencias Masónicas Regulares y obtener su reconocimiento como cuerpo independiente y regularmente constituido. Para ello hubo de dar a conocer a todo el mundo masónico las razones por las cuales la Masonería chilena se separaba del Gran Oriente francés y solicitar de las potencias masónicas extranjeras el reconocimiento de la Gran Logia de Chile.
La primera potencia masónica en reconocer a la Gran Logia de Chile fue la Gran Logia de Massachusetts el mismo año de su fundación. Al año siguiente lo hizo la Gran Logia del distrito de Columbia, las potencias masónicas de Nueva York y Buenos Aires. Más tarde, los demás Orientes del mundo entero reconocieron a la Gran Logia de Chile como regular e independiente. La Gran Logia Central de Francia lo hace en 1864.
Mientras en el exterior se siguen los esfuerzos para obtener el reconocimiento de los demás poderes masónicos, en el interior se desplegaba una tarea no menos intensa y a la vez importante para poder dotar a la nueva institución masónica de sus leyes y estatutos indispensables. La primera Constitución fue promulgada por Decreto del 16 de diciembre de 1862 sobre la base de la que por aquel entonces regía en Francia.
En el intertanto y fuera de los templos ese mismo año de 1862, el presidente de la República José Joaquín Pérez, designaba como su Ministro de Hacienda al Hermano José Victorino Lastarria y se comenzaba a discutir la reforma de la constitución del año 1833, que declaraba en su artículo quinto que “la religión de la República de Chile era la católica, con exclusión de cualquier otra”.
En la discusión parlamentaria le cupo un gran papel a los Queridos Hermanos Manuel Antonio Matta, Benjamín Vicuña Mackenna y Juan Nepomuceno Espejo, frente al parlamentario-presbítero José Joaquín Larraín Gandarillas.
En Valparaíso, en las postrimerías de 1868, siete maestros de la Respetable Logia “Progreso” N° 4 inspirados por el Hermano Ramón Allende Padín, echaron las bases de la Logia “Aurora” N° 6 cuya Carta Constitutiva le fue concedida el 30 de junio de 1871.
De los ilustres hombres que conformaron los cuadros de las Logias, en particular de “Deber y Constancia” N° 7, hubo dos que estaban predestinados a revelar notabilísimas condiciones de distinción en su vida profana, los Hermanos Eduardo de la Barra Lastarria y Enrique Mac-Iver Rodríguez. Del primero rescatamos estas palabras, que como Orador, pronunciara en la instalación de ese Taller: “Tened siempre presente que la caridad, la primera de las virtudes masónicas no se reduce únicamente a la beneficencia; ella es amor y justicia, brazos poderosos que deben estrechar a la humanidad en una sola familia de Hermanos. Tened siempre presente que debéis servir a la causa del progreso, esfera que se ensancha sin cesar mediante el esfuerzo de los buenos y cuyos radios todos parten de un centro común -de la verdad-. Así, rectificaremos el pasado y tenderemos los rieles en el camino del porvenir.”
Por su parte, Mac-Iver sintetizaba la filosofía masónica en estas frases: “La Masonería no es una institución religiosa ni política; es una institución moral. Sobre los sistemas políticos no impone cultos ni gobiernos. Rozándose con ellos en sus ideas generales, condena sólo el despotismo y la tiranía, el fanatismo y la intolerancia. Si ha escrito en su Evangelio, como enseñanza del pasado y como dogma del porvenir, Libertad, Igualdad y Fraternidad, ha sido como la expresión más pura de aquello a que debe aspirarse y a que se tiene derecho en todas las condiciones de la existencia”.
Aún hoy, después de 150 años estas palabras siguen estando vigentes en un mundo donde aún subsisten las tiranías, el despotismo y las desigualdades de todo género.
Durante el decenio en que el Hermano Juan de Dios Arlegui desempeñó la Gran Maestría y a pesar de los ataques de los movimientos reaccionarios de aquella época, la Masonería tuvo un crecimiento importante. En este período se crearon cinco nuevas Logias de entre las cuales se destacan la Respetable Logia “Justicia y Libertad" N° 5, primera Logia santiaguina fundada en noviembre de 1864, y la Respetable Logia “Deber y Constancia” N° 7, en noviembre de 1869, también en Santiago, con diez Maestros provenientes de “Justicia y Libertad” N° 5.
En el primer año de su mandato se promulgó la primera Constitución y en el curso de su período también fueron impresos los catecismos para la instrucción de los tres Grados Simbólicos, se aprobó el Reglamento General (1865), se estableció correspondencia con 31 potencias masónicas y fue construida la sede de la Masonería porteña, el Club Central de Valparaíso, en la calle Victoria N° 19, al que el Gobierno le otorgó personalidad jurídica con fecha 31 de marzo de 1871, pese a la pertinaz oposición del Partido Conservador en la Cámara de Diputados. El edificio de tres pisos sería posteriormente inaugurado el 30 de noviembre de 1872 por el sucesor del Hermano Arlegui, el Ilustre Hermano Javier Villanueva, asistido por los Grandes Celadores Fáez y Barrena, por el Gran Orador Guillermo Matta y el Gran Secretario José Maldonado. La construcción estuvo a cargo de Don Fermín Vivaceta.
Así, en 1872 y luego de transcurridos diez años del mandato del Ilustre Hermano Juan de Dios Arlegui, la Masonería chilena contaba con diez Logias. Esto significa en promedio la creación de una Logia por año, que mirado bajo la perspectiva del presente podría significar muy poco en cantidad, pero mucho en la calidad de los hombres que la integraban.
Es interesante destacar que en los cuadros de la primera época de la Masonería figuraron hombres que no sólo fueron notables dentro de la Masonería chilena, sino que también en el mundo exterior, en las letras, en las artes, en la industria, en la política, en la enseñanza, en la administración del estado. La mayoría católicos, muy pocos de otras confesiones religiosas o librepensadores, como el Hermano Enrique Mac-Iver, que se autodefinía racionalista, y donde compartían trabajos Hermanos de todas las profesiones liberales y aún relojeros y carpinteros.