El 12 de marzo de 1832 nació en Chillán Viejo. Comenzó sus estudios en una escuela pública de esa ciudad. A los 14 años ingresó a la Academia Militar y a los 18 se recibe de subteniente. Más tarde sería ascendido a teniente. Participó en las guerras civiles de 1851 y 1859, en el sometimiento de la Araucanía y en la guerra del Pacífico, donde destacó en la toma de Arica. Posteriormente, fue comandante general de Armas de Santiago y diputado por Rancagua.
En 1864 ingresó a la masonería, iniciándose en la logia Unión Fraternal N° 1. En el año 1876 le correspondió ser uno de los fundadores de la logia Tolerancia N° 12 de Chillán. En la primera oficialidad de esta logia chillaneja, instalada formalmente el 3 de noviembre de 1877, ocupó el cargo de Tesorero.
Hacia 1860 participó activamente en la campaña de ocupación de La Araucanía. Sus acciones contra las comunidades pehuenche del Biobío, le significaron ascender a teniente coronel en 1866. Fue el jefe de las fuerzas establecidas en Malleco en 1867 y designado comandante de la plaza de Angol. Entre 1868 y 1869 llevó a cabo sus últimas campañas en La Araucanía, tras lo cual se retiró al campo cerca de Chillán, desde donde se desplazaba para mantener su vida masónica.
En 1875 el gobierno del presidente Federico Errázuriz Zañartu lo destinó como intendente de Ñuble y, en 1878, fue comisionado como comandante en Mulchén. En 1879 asume la intendencia del Biobío. En ese mismo año, en mayo, debió viajar al Norte para tomar parte en la guerra del Pacífico. Luego, combatió en las campañas de Antofagasta, Tocopilla, Pisagua y Jaspampa.
En enero de 1880 fue nombrado jefe del estado mayor general del Ejército, cargo al que renunció poco después y se retiró al Sur. En mayo de 1880 otra vez tomó las armas, participando, esta vez, en la campaña de Tacna. Allí, tras hacerse cargo de la división Amunátegui, logró dispersar a las fuerzas aliadas, que hasta su llegada estaban derrotando a los nacionales.
La acción más destacada de la vida militar de Pedro Lagos fue la campaña de Arica con la toma del Morro, hecho que ocurrió el 7 de junio de 1880. El general Baquedano le encargó el plan de captura de esta ciudad y Lagos planificó el asalto con gran astucia. Aquella fue una acción militar en extremo eficiente, pues en tan solo 55 minutos lograron alcanzar la cima y dominar toda la situación.
También tuvo una destacada participación en la campaña de Lima, participando activamente en las batallas de Chorrillos y Miraflores. En marzo de 1881 fue nombrado comandante en jefe del Ejército de Ocupación, en reemplazo de Baquedano.
Su última distinción la obtuvo el 23 de noviembre de 1881, cuando alcanzó el cargo de comandante general de Armas de Santiago. Tres años después, el 18 de enero de 1884, fallece en la ciudad de Concepción.
El 3 de septiembre de 1977, la Gran Logia de Chile levantó las columnas de la logia Pedro Lagos Marchant N° 138 en la ciudad de Chillán, como una forma de rendir homenaje permanente a este ilustre masón.