Junge Zürcher wurden auf Auslandsreisen und in fremden Kriegsdiensten mit der sich auf dem Kontinent rasch ausbreitenden Freimaurerei bekannt. 1740 entstand in Zürich unter dem Namen "La Concorde" die erste Loge. Sie hatte nur wenige Jahre Bestand. 1762 errichtete das zürcherische Standesregiment zu Thionville eine Feldloge mit dem Namen "Zur schweizerischen Freiheit". In die Heimat zurückgekehrte Offiziere und in ausländischen Logen aufgenommene Zürcher gründeten 1771 in Zürich die Loge "La Discrétion". Unter ihrem tatkräftigen Stuhlmeister Diethelm Lavater (1773-1826), Arzt, Regierungsmitglied und Bruder des berühmten Johann Caspar Lavater, übernahm die Loge das System der Strikten Observanz und nannte sich nun "Gerechte und vollkommene Loge zur 'Bescheidenheit und Freiheit'" (Modestia cum Libertate). Im damaligen Hotel Schwert an der Gemüsebrücke (heute Rathausbrücke) fanden sich die Brüder zu den Logenarbeiten zusammen. Es war jenes Gasthaus, in dem Goethe bei seinen Zürcher Aufenthalten verkehrte. Auf seinen beiden Schweizerreisen, 1775 und 1779, lernte er, - durch Zürcher Brüder -, die Freimaurerei so weit kennen, dass er sich hernach zu Hause entschloss, der Weimarer Loge " Amalia " beizutreten.
Die vom System der Stikten Observanz vertretene Herleitung der Freimaurerei vom Tempelritterorden wurde in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts mehr und mehr in Zweifel gezogen. An dem zur Klärung der Frage von General-Grossmeister Herzog Ferdinand von Braunschweig nach Wilhelmsbad bei Hanau einberufene Konvent war die Zürcher Freimaurerei durch Diethelm Lavater und den Logensekretär Christoph Kayser, einem Jugendfreund Goethes, vertreten. In einem Brief  Goethes an Kayser, der heute im Archiv der Modestia cum Libertate (M.c.L.) liegt, wird Goethes kritische Haltung gegenüber der Strikten Observanz deutlich. In Wilhelmsbad wurde die ritterliche Abstammung der Freimaurerei verworfen. An die Stelle der Strikten Observanz trat das ritterliche Formen pflegende System der "Wohltätigen Ritter der heiligen Stadt", das heute in einem Sonderritus weiterlebt.
Von der Modestia cum Libertate aus kam es zu einer Reihe von Gründungen und Initiativen:

• Zürcher Brüder gründeten 1820 die Loge "Akazia" in Winterthur.
• 1840 errichtete die Loge den Vorsorgeverein für zürcherische Freimaurer.
• Am Sommer-Johannisfest 1844 wurde im Tempel der Modestia cum Libertate im Beisein vieler Vertreter anderer Logen die Schweizerische Grossloge Alpina gegründet. An der Gründung hat die Modestia cum Libertate massgeblich mitgewirkt. Erster Grossmeister der Alpina wurde der Zürcher Historiker Johann Jakob Hottinger.
• Im Sonderbundskrieg organisierte Stuhlmeister Conrad Meyer-Hofmeister, der Arzt war, zusammen mit dem Schwesternverein und der Ärztegesellschaft, eine medizinische Hilfskolonne für die Verwundetenhilfe. Man darf darin eine erste Idee des Roten Kreuzes sehen, das 1859 von Henri Dunant unter den Eindrücken der Schlacht bei Solferino gegründet wurde.
• Brüder der Modestia cum Libertate gründeten 1861 die Loge "Concordia in St. Gallen".
• 1904 erfolgte die Gründung des Brockenhauses, da sich unter der Leitung von Mitgliedern der Modestia sehr gut entwickelte und Jahr für Jahr ansehnliche Summen abwarf, die für wohltätige Zwecke eingesetzt werden konnten.
• Im Jahre 1972 führten Bemühungen verschiedener Brüder zur Errichtung der Stiftung "Privat-Altersheim La Perla". Die Fürsorgekommission der Modestia cum Libertate, das Brockenhaus, die Stadt Zürich und die Stiftung für das Alter halfen mit ansehnlichen Beiträgen, dieses Sozialwerk zu verwirklichen.<

Heute ist die Modestia cum Libertate die zweitälteste und die grösste Loge der Schweiz. Sie hat an der Geschichte der schweizerischen Freimaurerei massgeblich mitgeschrieben, namentlich auch zur Zeit der Strikten Observanz, als Zürich zeitweise Hauptort einer Subprovinz (Priorat Helvetien) dieses grenzüberschreitenden Ordens war. Das bis zur Französischen Revolution zurückreichende Archiv der Modestia cum Libertate dokumentiert über zweihundert Jahre zürcherischer wie zum Teil schweizerischer und umfassender Freimaurergeschichte.