Los orígenes de la masonería en México se remontan a finales del siglo XVIII, cuando llegaron a nuestro país un nutrido número de súbditos franceses de la corte del Virrey, algunos escapando de la represión europea contra los jacobinos. No pocos habían estado previamente en Inglaterra, en contacto con las logias británicas. La Inquisición detuvo a Juan Laussel, cocinero del Virrey, y por sus confesiones se supo que en la relojería de Juan Estrada Laroche había conocido al Dr. Durrey y a los peluqueros Lulie y Du Roy, identificándolos "por las señas estatuidas por la fraternidad". Con ellos, según se dijo, llegó a celebrar el solsticio de verano de 1791.
La primera logia formal, sin embargo, la fundó Enrique Muñiz en la casa No.5 de la calle de las Ratas (ahora Bolívar núm.73), en la ciudad de México, domicilio del regidor Manuel Luyando.
En 1812 Ramón Cerdeña y Gallardo, el canónigo más antiguo de la catedral de Guadalajara, fundó en la ciudad de Xalapa la logia "Caballeros Racionales", lo que le valió ser procesado por el Santo Oficio. En sus declaraciones afirmó haber sido inducido por Vicente Acuña, un agente de la Sociedad de Americanos, fundada en España por el argentino Carlos Alveras. De hecho, las primeras logias mexicanas no fueron sino una transferencia de las logias españolas, y su principal tendencia fue la política, ostensible entre los militares y los políticos emigrados.
Hacia 1817 se fundaron las logias "Arquitectura Moral" en la capital de la Nueva España, "Amigos Reunidos núm. 8" y "Reunión de la Virtud No. 9" en Campeche, con patentes de Luisiana. En 1821, a la llegada del último virrey, Don Juan O'Donojú, el Dr. Manuel Codorniú estabelció la Logia "El Sol", cuyo objetivo era sostener el PLan de Iguala y excluir al clero de toda intervención en la educación.
En 1823 El Gral. Guadalupe Victoria, primer presidente de la República, fundó en Xalapa la "Gran Legión del Aguila Negra", junto con el betlemita cubano Simón de Chávez. Su objetivo era ridicularizar al clero y destruir la teologia católica. Sólo admitían personas simpatizantes con la independencia y deseosas de expulsar a los españoles. El caudillo insurgente Vicente Guerrero fundó en 1825 la logia "Rosa Mexicana", que juntó con otras cuatro inició sus trabajos sin obtener patente de algún organismo oficialmente reconocido. Para ello se requirió el apoyo del Exmo. Sr. Joel R. Poinsett, quien obtuvo tres patentes pero del rito yorkino. Esto provocó disputas entre los recién yorkinos (progresistas, federalistas y liberales) contra los escoceses (simpatizantes de los realistas y encabezados por Nicolás Bravo).
Tras estas disputas irreconciliables, algunos mexicanos encabezados por Guillermo Gardet, José Ma. Mateos y Carlos Rinaldi fundaron el Rito Nacional Mexicano (RNM) "libre e independiente en su régimen interior respecto a otros ritos, como lo es la Nación Mexicana a las demás potencias". En 1826 dio cartas patentes a cinco logias: "Meridiano Anahuacense", "Igualdad", "Terror de los Tiranos", "Despreocupación Indiana" y "Luz Mexicana".
El conflicto escoceses-yorkinos tomó un giro inesperado con la proclamación del Plan de Ocotumba, donde los escoceses lidereados por Bravo pedían "la abolición de las sociedades secretas". Los yorkinos encabezados por Vicente Guerrero no pudieron detenerlos y el 25 de octubre de 1828 expidieron una ley que prohibía la masonería secreta.
Yorkinos y miembros del Rito Nacional (RNM) apoyaron a Vicente Guerrero en la carrera presidencial, los escoceses apoyaron a Manuel Gómez Pedraza, quien finalmente ganó la elección. Sin embargo, tras el acoso de Guerrero terminó por huir, dejándole la presidencia a éste último.
Los yorkinos volverían al poder con el ascenso del Gral. Antonio López de Santa Anna, quién había presentado a la asamblea general del RNM un programa que comprendía los siguientes puntos:
En 1838, a raíz de la primera guerra con Francia, todos los ritos decidieron unirse en aras de la defensa nacional. Sin embargo, en 1846, ante la inminente invasión norteamericana, algunos masones comandados por Santiago Xicoténcatl intentaron reinstalar la monarquía como mejor arma contra los invasores yankees. Todos los ritos reiniciaron viejas rencillas y dicha división facilitó la derrota de nuestro ejército ante los soldados del Gral. Scott.
El 15 de enero de 1847, en el salón del Senado de la República, habilitado especialmente como recinto masónico, se inició como aprendiz de la logia "Independencia Núm.2" el licenciado Benito Pablo Juárez García.
En 1855, los masones apoyaron la candidatura de Juan Alvarez siempre y cuando actuara conforme a los principios liberales del Rito Nacional Mexicano. En 1857 se promulgó una nueva constitución con significantes aportaciones de Juárez, Ocampo, Arriaga, Comonfort, Iglesias, Gómez Farías y otros, tras lo cual el RNM comenzó a decaer tras la consumación jurídica de sus anhelos.
En octubre de 1865 se constituyó la Gran Logia del Valle de México, organizando por primera vez a la masonería mexicana en un cuerpo nacional, y cuya presidencia fue ofrecida a Maximiliano de Habsburgo, Segundo Emperador de México, mismo que la rechazó en favor de algún masón nacional. En 1868, se fundó el Supremo Consejo de Grandes Inspectores Generales del 33, último grado del REAyA, abriendo sus puertas a masones escoceses y del rito nacional. Sin embargo, el escocés mantuvo su espíritu religioso manifiesto en su lema "A la Gloria del Gran Arquitecto del Universo", mientras los nacionales mantuvieron su tendencia ateísta en el apotegma "Al triunfo de la verdad y al progreso del género humano".
En 1875 el Convento de Lausana (reunión de los supremos consejos de Inglaterra, Gales, Bélgica, Holanda, Cuba, Francia, Hungría, Italia, Portugal y Suiza) desconoció al rito nacional mexicano, lo cual provocó su resquebrajamiento, y aunada a las persecuciones que tuvo al triunfo de la rebelión de Tuxtepec, quedó reducido a un solo taller: Logia "La Luz" de la cd. de México.
El 27 de mayo de 1883 el Supremo Consejo del REAyA delegó su autoridad sobre los cuerpos regionales, en un documento promovido por el mismísimo Porfirio Díaz y por el Gral. Mariano Escobedo.
El 12 de agoto de 1895 se iniciaron las primeras logias femeninas auspiciadas por la Gran Dieta Simbólica Escocesa de los Estados Unidos Mexicanos.
En 1912, Francisco I. Madero, José Ma. Pino Suárez y otros revolucionarios se afiliaron a la logia "Lealtad No.15" de la ciudad de México. Los miembros del Consejo Kadosh conspiraron en su contra y promovieron la rebelión de Félix Díaz. En 1917 otro masón, Venustiano Carranza, redactaría la Constitución vigente hasta nuestros días. Tras él otros masones ocuparían la presidencia, como fue el caso de Plutarco Elías Calles, Emilio Portes Gil, Pascual Ortiz Rubio y Lázaro Cárdenas.
En 1987 existían 24 grandes logias con jurisdicción en los diversos estados de México. Para efectos administrativos se agrupan en la Confederación de Grandes Logias de la República Mexicana.
La masonería surge en el ámbito cultural de la "modernidad", caracterizada por el fenómeno del "pluralismo" en lo social y doctrinal.
La sociedad pluralista nace de la Reforma protestante y sus ulteriores fragmentaciones, luego se ve alentada por el "iluminismo" con sus variadas formas de racionalismo e incredulidad (deísmo, agnosticismo,...)
Paradójicamente una de las reacciones contrarias al fenómeno del "pluralismo", marcará notablemente el surgir de la masonería, se refiere al fenómeno de las "sectas", mundos cerrados "no plurales", agrupados en torno a un jefe carismático, que surgen como un refugio ante el pluralismo social y que contienen en muchos casos elementos de "esoterismo".
Este itinerario sociológico demuestra, paradójicamente, la necesidad que tiene el hombre de poseer una "verdad" que apuntale su vida y la profunda desazón de vivir en un mundo de contradicciones. Cuando en la sociedad pluralista moderna se manifiestan contradicciones, los hombres reaccionan de tres modos: primero, sienten la necesidad de resolverlas; segundo, si no pueden resolverlas, optan por una evasión, buscando refugio en el sectarismo; tercera, tratan de dar una razón que haga compatible las contradicciones mediante el "relativismo y el sincretismo".