Dès son avènement le régime de Vichy proclame des lois anti-maçonniques et plus particulièrement la dissolution des " associations maçonniques ", le 13 août 1940. Les biens des obédiences sont placés sous séquestre et leur liquidation prononcée (5 octobre 1940), mais ce n'est que le 11 mars 1941 que la décision officielle de verser les documents à la Bibliothèque Nationale est prise, mettant ainsi fin à l'enlèvement des actes anciens par les Allemands (ces saisies deviennent par la suite le noyau dur des pièces qui sont incluses dans les " Archives russes ").
Les documents permettant l'identification des francs-maçons vivants (registres, annuaires, tableaux de loges, comptes rendus, quittances financières ...) sont souvent conservés dans les locaux des obédiences dissoutes et analysés en vue de la création d'un fichier alphabétique propre à chaque obédience qui est baptisé " fichier Vichy ", permettant ainsi aux autorités alors en place, en complément des actes de dénonciations, de procéder à des interrogatoires et perquisitions. Ces fiches sont souvent aujourd'hui le seul moyen de connaître les identités des francs-maçons de cette période.