Connu pour ses collections permanentes richement étoffées depuis plus de 10 ans, le M.A.B. de la Grande Loge de France est tout aussi réputé pour sa capacité à organiser seul dans ses murs ou au sein d'institutions publiques extérieures des expositions à caractère historique et didactique de grande ampleur, bénéficiant désormais régulièrement de prêts d'institutions publiques ou maçonniques, ainsi que de collectionneurs privés prestigieux.

À l'occasion du bicentenaire du Rite Écossais Ancien et Accepté en 2004, le M.A.B. a collaboré avec le Suprême Conseil de France, pour lequel il a mis à disposition ses collections. L'ensemble des espaces du musée a ainsi été mobilisé pour déployer plus de 200 objets et documents pour une exposition d'une durée de quatre mois et qui a accueilli plusieurs milliers de visiteurs.

Créant un évènement sans précédent depuis de très nombreuses années dans le monde culturel maçonnique, l'exposition consacrée à la Franc-maçonnerie sous l'Occupation qui s'est tenue au printemps 2006 dans l'ensemble du musée, a permis pour la première fois d'exposer des objets et documents provenant de tous les musées maçonniques français. La synthèse historique d'une grande période de l'histoire maçonnique moderne a ainsi pu être réalisée et stabilisée au travers du premier catalogue d'exposition publié en indépendant par le M.A.B.

À la suite de l'exposition sur la Franc-maçonnerie sous l'Occupation, une autre exposition temporaire a été programmée au printemps 2007 dans la totalité de locaux du musée et consacrée à la pratique maçonnique en loge. C'est le thème de la gestion de la loge qui a été choisi avec l'étude particulière du rôle de chacun des officiers qui sont en charge de la destinée de leur atelier. Plusieurs musées maçonniques français ont à nouveau prêtés une partie de leurs fonds, complétés par des prêts de musées étrangers et de collectionneurs privés.

Une nouvelle étape a été franchie au printemps 2010 avec l'exposition dédiée à l'histoire de l'architecture des temples maçonniques, qui s'est tenue sur une période de quatre mois. Intitulée " De l'Idéal au Réel, histoire de l'architecture maçonnique du 18e siècle à nos jours ", la présentation exceptionnelle de plus de 250 objets et documents dont certains rarissimes et jamais montrés ni publiés, a permis une synthèse des travaux de recherches effectués sur le sujets depuis plusieurs décennies. Un véritable catalogue de 134 pages, rédigé par les scientifiques et commissaires d'exposition, avec de très nombreuses illustrations, a été publié pour l'occasion. L'exposition a par la suite été déclinée à plusieurs reprises dans des musées publics.