Elles conservent également les archives administratives alimentées par les documents provenant des différents services et par les archives que les loges leur confient, bénéficiant ainsi des moyens matériels et conceptuels d'une conservation rigoureuse. Leur classement, basé sur le principe simple de la chronologie de la création des loges ou de l'activité des différents services, permet de répondre rapidement et aussi exhaustivement que possible aux demandes.
Le retour des " archives russes " a permis de reconstituer les archives administratives centrales de l'entre deux guerres, de récupérer des archives historiques de loges, notamment celles de la " Loge anglaise 204 " créée en 1732 qui a été intégrée à la Grande Loge de France en 1923 (...avec ses archives du 18e siècle...), de retrouver les archives des loges d'adoption, loges féminines, souchées à l'origine sur les loges masculines de la Grande Loge de France et d'exhumer de nombreux rituels dont certains du XVIIIe siècle parfois très richement décorés.